چگونه به یک‌دیگر مرتبط می‌شویم؟

ما چگونه به یک‌دیگر مرتبط می‌شویم؟ یک گردش‌کار مقایسه‌ای آسان برای یافتن خانواده‌های ژنی در GigaScience منتشر شد، منبع باز گردش‌کار Galaxy به پژوهشگران اجازه می‌دهد که کار یافتن خانواده‌های ژنی را آسان‌تر کنند؛ یک ابزار مهم وقتی کار به آنالیز و تجزیه‌ی تکامل، ساختار و عملکرد ژن‌ها درمیان گونه‌ها.

کمک‌نویسنده، Wilfried Haerty توضیح داد که چرا این ابزار برای بیولوژیست‌ها بسیار مفید است:

نرم‌افزار توسعه یافته در Earlham Institute دانشمندان را قادر می‌سازد گونه‌های مورد نظر را با استفاده از فرستگر منعطف و قابل تکثیر بررسی کنند. اجرای گردش‌کار ما روی ژنوم ستون مهره‌ها روی مجموعه‌های گوناگون (پلاتی پوس، خوک، اسب، سگ، موش و انسان) سنجیده‌شده‌بود. گونه‌ها برای ارزیابی کردن اثر کیفیت ژنوم روی تشخیص خانواده‌های ژنی انتخاب شده‌بودند.ژنوم‌های موش، سگ و انسان کیفیت بالایی دارند درحالی‌که سه تای دیگر در مراحل مختلف تکمیل آنالیز قرار دارند.

براساس گسترش وجود Ensembl پردازشگر خط لوله EnsemblCompara Gene Trees، گردش‌کار GeneSeqToFamily پیش‌نیازهای پیچیده‌ی پروسه را با تبدیل کل پروسه به Galaxy; یک پلات‌فورم بسیار آسان‌تر برای استفاده، مثل نیاز استفاده‌ از خط‌فرمان برای نصب ابزارهای مختلف بسیار زیاد حذف می‌کند.

به‌طورمهم، گردش‌کار بسیار قابل تنظیم است، که به استفاده‌کنندگان اجازه می‌دهد پارامترهارا انتخاب‌کنند، ابزارهارا عوض‌کنند و نرم‌افزار را روی ژن‌های خود بدون نیاز به استفاده از دیتابیس Ensembl، اجرا کنند.

نه تنها یک گردش‌کار، GeneSeqToFamily شامل تعدادی ابزار Galaxy جدید و مستقل مانند TreeBeST، hcluster_sg، T-Coffee و ETE می‌شود. نرم‌افزار، که توسط Anil Thanki و Nicola Soranzo در El توسعه‌یافته، پروسه ی یافتن و ساختن درخت‌های فیلوژنتیک را با استفاده از محدوده‌هایی از اوپن پلات‌فورم‌ها و دیتابیس‌ها، آسان‌تر میکند. Anil Thanki، برنامه‌نویس علمی، گفت:

ما از این‌که برنامه‌مان را در حوزه‌ی باز قرار دادیم، جایی که به بیولوژیست‌ها و بیوانفورماتیسین‌ها برای استفاده‌ از Ensembl Compara GeneTrees Pipeline در یک رابط کاربری آسان و گرافیکی و تغییر آن در صورت نیاز اجازه می‌دهد، بسیار هیجان‌زده‌ هستیم.

گروه امیدوار است که گردش‌کار جدید به کاربرانی که با پیچیدگی‌های مرتبط با استفاده از Compara ناآشنا هستند کمک کند تا دیتاست‌های فیلوژنتیک را زمانی‌که تعدادی از ابزارهای مفید خانواده‌های ژنی را با ‌هم‌دیگر در یک گردش‌کار Galaxy تطبیق می‌دهند، آسان‌تر آنالیز کنند. کاربران می‌توانند پایگاه‌هایی اطلاعاتی Ensambl موجود را به عنوان مجموعه مرجع برای تجزیه و تحلیل انتخاب کنند و یا داده‌های خود را در یک فرمت مشابه ارائه دهند. در این راستا ابزارهایی ارائه میشوند که می‌توانند کمک کننده باشند

موسسه ‌ی Earlham متعهد به ارائه ابزار و الگوریتم‌هایی برای پشتیبانی، توانمندسازی و پیشرفت محاسبات زیست شناسی و تحقیقات علم زندگی، همراه با پروژه‌هایی همچون کمک‌های Galaxy برای ایجاد دسترسی به طیف وسیعی از اطلاعات و ابزار داده می‌باشد.

گروه زیرساخت‌های اطلاعاتی، به رهبری Dr.Rob Dvey, و همچنین پشتیبانی منابعی همچون CyVerse UK و COPO که در کنار Galaxy دسترسی و قابلیت استفاده از منابع محاسباتی را در انگلستان و سطح بین‌المللی به واسطه توانایی El در زیرساخت‌های الکترونیکی، گسترش داده‌اند.