به غیر از دارو، هنگامی که شاخص تودۀ بدنی (BMI) به شدت بالا باشد و وقتی دیگر روش‌های درمانی با شکست روبه‌رو می‌شود از جراحی برای درمان چاقی استفاده می‌کنیم.
جراحی‌های معدوی-روده‌ای در کاهش بلندمدت وزن برای چنین بیمارانی در صورتی که تحمل پذیرش خطر جراحی را داشته باشند، توصیه می شود.
مقالۀ مرتبط: بحران چاقی؛ خطرناک‌تر از همیشه
اگر چه در دهه‌ی ۱۹۵۰، عمل جراحی انشعاب روده‌ای (بای‌پس ژئوژنوم) انجام می‌شد، اما در حال حاضر اغلب، جراحی‌های معده‌ای ترجیح داده می‌شود؛ چون عوارض جانبی اندک و پیچیدگی کم‌تری دارد. بای‌پس گاستریک در اواسط دهه‌ی ۱۹۶۰ عمومیت یافت و اخیراً گاستروپلاستی (Gastroplasty) از طریق تکنیک‌های لاپاروسکوپی به طور موفقیت‌آمیزی انجام گرفته است. به طور معمول نتایج جراحی‌ها ۳۰ درصد کاهش وزن در اولین سال، و ۱۰ درصد دیگر در سال دوم بوده است. معمولا کاهش وزن در ماه های ۲۴ تا ۳۶ راکد می‌ماند.
بعضی از عوارض جانبی این جراحی‌ها، مشکلات گوارشی و تغذیه‌ای است. این درمان‌های جراحی، بسیاری از مشکلات جدی چاقی، همانند پرفشاری خون و سطح نامطلوب چربی سرم و دیابت شیرین را برطرف می‌سازد.
