با اینکه کشف پنی‌سیلین در سال ۱۹۲۸ با اسم الکساندر فلمینگ گره خورده‌بود، این هوارد فلوری بود که کارآزمایی‌های بالینی را زیرنظر داشت و تیم را به تولید انبوه پنی‌سیلین هدایت کرد که نقش مهمی در پیروزی متفقین داشت. اما فعالیت آنتی‌بیوتیکی پنی‌سیلین دهه‌ها قبل از کارهای فلمینگ و فلوری کشف شده‌بود.
در سال ۱۸۹۷ ارنست دوشز، پزشک ارتشی اهل لیونز فرانسه، هنگامی که در آزمایش یک فرضیه به دنبال رابطه آنتاگونیستی بین باکتری‌ها و قارچ‌ها بود، پنی‌سیلین را کشف کرد. به توصیه منتور خود، پروفسور گابریل روخ، دوشنز به خوکچه‌های هندی باکتری‌های مختلفی را تلقیح کرد. سپس به یک گروه از آن‌ها آبگوشت Penicillium glaucum و گروه دیگر محلول سالین تزریق شد. بیشتر حیواناتی که به آن‌ها آبگوشت کشت تزریق شده‌بود، زنده ماندند حال آنکه گروهی که سالین دریافت کرده بودند، از بین رفتند. فرضیه دوشز مورد توجه انستیتو پاستور قرار نگرفت و از طرف دیگر با ورود به ارتش فرانسه از ادامه تحقیقاتش باز ماند. پنی‌سیلین تا زمان فراموش شدن ظروف کشت فلمینگ در کمدش ناشناخته ماند. بنابه روایتی برای تعطیلات تابستانه‌اش آزمایشگاه را ترک کرده‌بود.
به گفته خودش هنگامی که به آزمایشگاه بازگشته‌بود، ظروف کشت را به دقت مشاهده کرده و یادداشت کرده بود که:
اطراف کلنی بزرگی از کپک، کلونی های استافیلوکوک شفاف شده‌اند و به طور روشنی در این منطقه لیز رخداده است.
او متعاقبا آزمایش‌های بعدی را با حیوانات و ملتحمه چشم انسان نیز انجام داد ولی در استخراج مقدار کافی پنی‌سیلین به مشکل برخورده‌بود و مطالعه را رها کرد. تولید انبوه پنی‌سیلین بیشتر از یک دهه بعد توسط فلوری و ارنست چین، بیوشیمیست بریتانیایی آلمانی‌الاصل توسعه پیدا کرد.
فلوری در ۲۶ سپتامبر ۱۸۹۸ در شهر Adelaide واقع در جنوب استرالیا به دنیا آمد. او کوچکترین عضو خانواده بود. پدرش مدیر یک شرکت تولیدی کفش بود. تحصیلاتش را در کالج St.Peter و سپس دانشگاه Adelaide ادامه داد، دانشگاهی که مدرک MBBS خود را در سال ۱۹۲۱ از آنجا دریافت کرد. در سال ۱۹۲۲ از کالج Magdalen آکسفورد بورسیه رودز را دریافت کرد. در آکسفورد او با John Fulton دوستی نزدیکی را برقرار کرد که دهه‌ها بعد نقش مهمی در توسعه پنی‌سیلین داشت.
فلوری ابتدا در مورد التهاب مطالعه کرد که شامل کار بر روی لیزوزیم و ترشحات موکوزی گوارشی بود.در سال ۱۹۲۷ طی ملاقاتی مدرک Ph.D خود را از دانشکده پاتولوژی کمبریج دریافت کرد که در پایان‌نامه‌اش بر روی پاتولوژی سیستم گردش خون ولنف کار کرده‌بود. در سال ۱۹۳۲ کرسی دانشگاه Sheffield در پاتولوژی را به دست آورد در دو سال بعد همان کرسی را در دانشگاه Oxford نیز کسب کرد.
فلوری می‌خواست کارهای بیوشمیایی را در آزمایشگاه دنبال کند و بنابه توصیه فردریک هاپکینز،بیوشیمیستی که در سال ۱۹۲۹ به دلیل همکاری در کشف ویتامین‌ها برنده جایزه نوبل شده‌بود، Chain را به عنوان همکار خود استخدام کرد. به پیشنهاد فلوری، شروع کرد تا بر روی لیزوزیم‌ها مطالعه کند و در سال ۱۹۳۸ متوجه کار فلمینگ بر روی پنی‌سیلین شد. پس از تکرار آزمایش‌های دوشز بر روی حیوانات، آن‌ها تولید پنی‌سیلین را به ظروف چینی منتقل دادند. اولین موردی که با پنی‌سیلین درمان شده‌بود، یک پلیس آکسفوردی در سال ۱۹۴۱ بود کخ مبتلا به سلولیت، آبسه‌ها و استئومیلیت بود که همه این‌ها بر اثر خراش دست او با تیغ یک گل رز به وجود آمده‌بود. او طی دارودرمانی بهتر شده‌بود اما چون منابع پنی‌سیلین به شدت کاهش یافته‌بود، بیماری دوباره عود کرد. ۵ بیمار دیگر نیز طی سه ماه درمان شدند که فلوری نتایج شگفت‌انگیز آن را در ژورنال Lancet در سال ۱۹۴۱ چاپ کرد. فلوری در نظر داشت تا با بستن قرارداد با یک شرکت دارویی بریتانیایی، پنی‌سیلین بیستری را تولید کند اما چون بریتانیا در جنگ بود، امکان‌پذیر به نظر نمی‌رسید.
با اینکه فلمینگ کار خود را بر روی پنی‌سیلین سال‌ها قبل رها کرده‌بود، شایعه‌ای شنید مبنی بر اینکه فلوری بر روی پنی‌سیلین کار می‌کند بنابراین تصمیم گرفت تا آزمایشگاه او را از نزدیک ببیند. او به گرکی استقبال شد و سپس به لندن بازگشت و در مطالعات لعدی شرکت نکرد. با اینکه فلوری حدالامکان از رسانه‌های جمعی دوری می‌کرد، فلمبنگ همیشه آماده گفت‌وگو و مصاحبه بود، که در نهایت باعث شد تا برای کشف پنی‌سیلین نوبل را به تنهایی دریافت کند.
از آنجایی که مقدار کافی پنی‌سیلین برای کارآزمایی‌های بالینی وجود نداشت،در ژوئن ۱۹۴۱ فلوری و یک بیوشیمیست جوان به نام نرمان هیتلی، به ایالات متحده سفر کردند. آن‌ها Fulton، دوست قدیمی فلوری را ملاقات کردند که استاد فیزیولوژی در انشگاه Yale بود. چون فلوری به مخازن بزرگ تخمیری نیاز داشت، Fulton ارتباطات لازم را آماده کرد تا آزمایشگاه پژوهشی منطقه شمالی را که متعلق به دپارتمان کشاورزی ایالات متحده بود، دیدار کنند. استفاده از یک منبع قارچ جدید که در یک طالبی فاسد رشد کرده‌بود، متودهای کشت جدید و تخمیر در مخازن بزرگ باعث شد تا پنی‌سیلین به تولید انبوه برسد. اولین بیماری که ذر ایالات متحده با پنی‌سیلین درمان شده‌بود، Anne Sheafe Miller نام داشت که همسر یک مربی ورزش در yale بود. سپسیس استرپتوکوکی شدید او در مارس ۱۹۴۲ درمان شد. وی تا ۹۰ سالگی عمر کرد.
فلوری به همراه همسرش Ethel کارآزمایی بالینی پنی‌سیلین را با موفقیت به پایان بردند و بدین طریق پنی‌سیلین به طور گسترده در بیمارستان‌های نظامی و غیرنظامی به کار گرفته‌شد.
