تکنیک‌های Northern blotting نیز مانند Southern blotting بر پایه هیبریداسیون اسیدهای نوکلئیک هستند و تفاوت‌شان در آن است که مولکول‌های هدف، RNA های هضم‌نشده (معمولا mRNAها) می‌باشند. این تکنیک‌ها به منظور سنجش اندازه رونوشت‌ها و نیز دستیابی به الگوی بیان ژن‌های موردنظر، به کار می‌روند. وجود تفاوت اندازه در رونوشت‌ها، اطلاعاتی مبنی بر ایزوفورم‌های مختلف مانند ایزوفورم‌های حاصل از alternative promoters، splice sites و polyadenilation sites فراهم می‌کند. همچنین اطلاعات حاصله از این روش‌ها، می‌توانند به ما در تعیین انواع سلول‌هایی که ژن موردنظر در آن‌ها بیان می شود، و یا فراوانی نسبی رونوشت‌ها، که تعیین آن بر اساس شدت نوارهای هیبریداسیون صورت می‌گیرد، کمک کند.
مقالات مرتبط:
در یوکاریوت‌ها، بررسی mRNA بسیار موثرتر از DNA ژنومی است. زیرا به دلیل وجود اینترون‌های فراوان در DNA ژنومی، اتصال پروب به توالی صحیح مختل می‌شود. درنتیجه استفاده از این تکنیک بهتر از بررسی کل ژنوم می‌باشد. البته به علت پیشرفت تکنیک real-time RT-PCR، تکنولوژي microarray و توالی یابی نسل جدید RNA، تکنیک Northern blotting ، به ندرت مورداستفاده قرار می گیرد.
Northern blotting نیز همانند Southern blotting، با استخراج و سپس الکتروفورز مولکول‌های mRNA بر اساس اندازه آغاز می شود. مولکول‌های mRNA به علت وجود ریبونوکلئازهای داخل سلولی بسیار ناپایدار هستند. استفاده از مهارکننده‌های ریبونوکلئاز، امکان استخراج مولکول‌های mRNA قابل انتقال به غشا را فراهم می‌کنند. بافر الکتروفورز باید از نوع denaturing باشد (حاوی فرمالدهید) تا از عدم وجود جفت‌بازهای داخل مولکولی یا بین مولکولی اطمینان حاصل کنیم. در غیر این صورت، ممکن است سرعت مهاجرت مولکول‌ها در ژل تحت تاثیر قرار بگیرد.
سپس مولکول‌های mRNA به غشای نایلونی منتقل (blotting) و با پروب‌های DNA تک‌رشته‌ای لیبل‌شده، انکوبه می‌گردند. همانند Southern blotting، پروب می‌تواند با بیوتین، دیگوکسی‌ژنین و مواد رادیواکتیو لیبل شود. غشا پردازش شده و در معرض فیلم یا سوبسترای کروموژن قرار می‌گیرد. پروب‌های مورداستفاده در Northern blotting، مانند Southern blotting، قسمتی از خود ژن بوده و یا الیگونوکلئوتیدی سنتزشده می‌باشند.
در صورتی که از ژن کلون شده به عنوان پروب استفاده شود، نوار ظاهرشده در اتورادیوگراف، رونوشت آن ژن است. اندازه رونوشت نیز می‌تواند از روی موقعیت آن در ژل تعیین شود. درصورتی که RNA استخراج شده از بافت‌های مختلف، به صورت همزمان در ستون‌های مختلفی الکتروفورز شود، می‌توان تغییر بیان ژن موردنظر را در اثر تمایز سنجید. همچنین پس از معین شدن رونوشت، با سنتز cDNA از آن، می‌توان mRNA را به کپی‌های DNA دورشته‌ای تبدیل کرد. این مولکول‌ها می توانند بعدا کلون و توالی‌یابی شوند.
