یکی از دلایلی ژن درمانی این است که ژنوتیپ هر بیماری مستلزم یک پروژه تولید جداگانه دارو برای برای تولید وکتور خاص آن بیماری، پیش تولید فعالیت‌های پیش بالینی و مطالعه مضرات آن و … است. در مقابل، سلول‌های اهدا کننده HSCT آلوژنیک با تمام ژن‌های اصلاح کننده است و بیشتر شبیه. رویکردی است که برای همه کاربرد دارد. با این حال، در بسیاری از مراکز پروژه‌های در حال اجرا برای توسعه ژن درمانی در PIDهای دیگر در حال انجام است. فرم‌های دیگر SCID مثل Artemis ، نقص نوترکیبی فعال کننده ژن ١ و ٢، فرم‌های اتوزومی مغلوب CGD (p47 و p67) وPIDهای دیگر ( کمبود چسبندگی لکوسیتی و lymphohistocytosis ارثی) تحت مطالعات پیش بالینی با هدف آزمایش‌های بالینی در فاز اولیه‌اند. بنابراین این رویکردهای افزودن ژن با متدهای همیشه در حال پیشرفت HSCT رقابت می‌کنند تا بهترین درمان را برای بیشتر این بیماری‌ها ایجاد کنند.
با این حال، برای PIDهای دیگر، درمان‌های افزودن ژن در حال حاضر امکان پذیر نیست. نقص ایمنی رایج متغیر (CVID)، که احتمالا شایعترین PID ها اند، احتمالا توسط یکی از ژن‌های بسیاری که تا کنون اندکی‌شان شناخته شده‌اند، شایع‌اند. هر یک از آن‌ها فرایند توسعه جداگانه دارند، نیز کارایی و امنیت باید به اندازه کافی بالا باشد تا به نتایج به دست آمده از بهترین روش‌های درمانی برسند. به دست آوردن جهش‌های عملکردی مانند مبدل سیگنال و فعال کننده رونویسی ۱ (STAT1) و STAT3 ، که در آنجا آلل جهش یافته می‌تواند کپی طبیعی جدید از ژن را منعکس کند، چالش‌های اضافی را به فرم‌های سنتی ژن درمانی می‌افزاید.
علاوه بر این ژن‌هایی که برخی از PIDها را پایه‌گذاری می‌کنند، ممکن است تابع رویکرد ژن افزایی با استفاده از وکتور ویروسی نباشند.
ژن‌ها در فعالیت سلولی، سیگنالینگ درون سلولی و دیگر فرایندهای که به نظر می‌رسد زمانی دقیق موردنیازند و کنترل فیزیولوژیکی بیانشان را دارند درگیرند.برای مثال، زمانیکه ژن لیگاند CD40 به عنوان علت X-HIM شناسایی شد، تحقیقاتی مبنی بر اضافه کردن آن ژن به HSC مغز استخوان از ژن تخریبگر مدل موشی صورت گرفت. با اینکه بازسازی ایمنی اولیه با تعویض کلاس سلول‌های B صورت گرفت.، بیشتر موش‌ها عوارض لنفوپرولیفراتیک از بیان ساخت و بیان غیرقابل کنترل لیگاند CD40 داشتند. ژن‌های دیگر درگیر در PIDها که احتمالا به تنظیم دقیق احتیاج دارند، Bruton tyrosine kinase (BTK)ها هستند که در X-linked agammaglobulinemia درگیرند. Forkhead box p3 (FOXP3) که منجر به اختلال ایمنی می‌شود، polyen-docrinopathy، entropathy، X-linked syndrom (IPEX) و برخی فاکتورهای رشد سلول‌های B یا دیگر رسپتورهایی که ممکن است در برخی موارد CVID درگیر باشند ( مثل فعال کننده خلال غشایی و گیرنده CAML و رسپتور فعال کننده B cell). Ef-fort برای استخراج وکتورهایی که الگوی دقیق تنظیم را نشان می‌دهند از ژن‌های اندوژن معمولا ناموفق بوده‌اند. زیرا مشخص کردن توالی‌های تنظیم کننده DNA که ممکن است این ژن‌ها را دربر بگیرند و یا تنظیم کنند تا شامل سایز نسبتا کوچک وکتور شوند، سخت خواهد بود.
