پایگاه‌های متعدد کوفاکتورهای سلولی بعد از ادغام، ممکن است هدف درمان قرار گیرند. برای مثال: فاکتورهای رونویسی متعدد طی چرخه زندگی HIV-1 مورد بهره‌برداری قرار می‌گیرند. طی تحقیقات بهترین مکان تعیین شده، فاکتور NF-nB هسته‌ای و مهار کننده طبیعی، InB آن است. RNAi و در مقابل آن NF-nB و یا بیان بیش از حد InB در این راستا مورد بررسی قرار گرفته‌اند. بیان ژن HIV-1 در transactivatorهای ویروسی Tat و Rev اثر دارند، هردوی آن‌ها به عملکرد سلولی برای فعال شدن نیاز دارند. از آنجایی که هردوی این transactivatorها برای عفونت‌زایی HIV-1 با دخالت در فرایندهای سلولی ضروری‌اند، عملکرد Tat پشتیبان امکاناتی را برای مهار ویروس پرتوان فراهم می‌کند. مطالعات اولیه نشان داده‌اند توالی تله TAR RNA می‌تواند به شکل مهار کننده رقابتی Tat برای تشخیص TAR و مهار تکثیر ویروسی نقش داشته باشد. مواردی که پتانسیل هدف قرار گرفتن دارند، شامل: Tat کوفاکتور سایکلین T و CDK9 است. نیازمندی مطلق برای سایکلین T انسان، مهار آن را موضوع حائز اهمیتی قرار می‌دهد، که از طریق جهش منفی transdominant یا فرایندهای مبتنی بر RNA عمل می‌کند.
HIV-1 Rev، پروتئین تنظیمی ویروسی که اجازه انتقال هسته به سیتوپلاسم در RNA ویروسی جدا شده در سلول آلوده را می‌دهد، نیازمند واکنش با نیاز به تعامل با عامل CRM-1 با انتقال سلولی است. بنابراین، مهار CRM-1 ممکن است تکثیر HIV-1 را تغییر دهد و منجر به فنوتیپ Rev منفی می‌شود. از آنجاییکه CRM-1 در مکانیسم‌های انتقال به خارج هسته‌ای شرکت می‌کند، مهار آن ممکن است مشکلات مضر واقع شدن دارد. کوفاکتورهای سلولی که در Rev شرکت می‌کنند:واکنش‌های عناصر پاسخ Rev (RRE) ممکن است هدف مهمی برای مهار HIV-1 باشد. h-importin ، exportin-1 در کوفاکتور Rev و فاکتورهای رونویسی عمومی متعدد نیز از پایگاه‌های‌اند که پتانسیل دستکاری درمانی دارند.
مقالات مرتبط: ایجاد ترانس ژن پرتوان ضد HIV-1
Vif پروتئین‌های لنتی ویروس فرعی مورد توجه ویژه قرار گرفته‌اند، زمانیکه Vif به یک فنوتیپ ویروسی تغییر کند، در بسیاری از سلول‌های آلوده نتیجه می‌دهند، که غیرمجاز محسوب می‌شوند. اخیرا ثابت شده است که پروتئین‌های سلولی که Vif را مهار می‌کنند، ابتدا CEM15 نامیده می‌شدند اما حال معروف به APOBEC3Gاند. APOBEC3G باعث جهش شدید DNA ویروسی می‌شود سپس فیر فعال کردن این پروتئین را ممکن می‌کنند. Vif، APOBEC3G را هدف ubiquitionation و سپس انتقال به پروتوزوم‌ها برای تخریب قرار می‌دهد. فرایندهای ژنی درمانی برای تقویت API BEC3G ممکن است مهار همانندسازی HIV-1 را انجام دهند.
پروتئین فرعی Vpr توقف چرخه سلولی را در فاز G2 تحریک می‌کند. دستکاری این چرخه سلولی جزئی است، اما مشخصا باعث افزایش همانندسازی HIV-1 in vitro می‌شود: فعالیت LTR ویروسی مانند کارایی تبدیل mRNAهای ویروسی حین G2 افزایش میابد. مسیرهای سلولی که اثرات Vpr را ایجاد می‌کنند بوسیله‌ی ATR کنترل می‌شوند( پروتئین مربوط به ATM- و Rad3-). ATR معمولا فرم‌های آسیب دیده DNA یا استرس تکثیر را نشان می‌دهند. HIV-1 جهش یافته در همانندسازی vpr در آزمایشگاه آهسته‌تر حذف می‌شوند. نکته مهم اینجاست، جهش‌های مکرر در طولانی مدت و در vpr غیرپیشرفته وجود دارد. این یافته نشان می‌دهد، مهار عملکرد vpr ممکن است همانندسازی in vivo به تاخیر می‌اندازد. در حمایت از این ایده، مهار واسطه RNAi در transactivation ATR و چرخه سلولی متوقف شده توسط Vpr منسوخ شده است. به طور قابل ملاحظه‌ای، تنظیم کاهشی Vpr یا جریان کاهشی افکتور آن، پروتئین همراه با DNA از بین رفته، GADD45 باعث آزادسازی مقدار قابل توجه آپوپتوز تحریک شده Vpr می‌شود. بنابراین، یک استراتژی انتقال ژن برای درگیری با عملکرد Vpr می‌تواند مانع همانندسازی HIV-1 شود و از سلول‌های آلوده دربرابر اثرات متعدد سایتوپاتیک Vpr محافظت کند.
