تعیین دقیق مقادیر اندک نوکلئیک‌اسید موجود در نمونه‌های بیولوژیکی، یکی از نیازمندی‌های آزمایشگاه‌های تحقیقاتی و تشخیصی است. Competitive PCR یکی از تکنیک‌هایی است که می‌تواند این کار را انجام دهد و عبارت است از تکثیر همزمان DNA هدف با مقادیر معینی از DNA رقابت‌کننده (competitor DNA) که توالی‌اش شباهت فراوانی به DNA هدف دارد. در این حالت تمام متغیرهای موثر بر فرایند تکثیر، تاثیر یکسانی بر هر دو نوع مولکول خواهند گذاشت. Competitive PCR با آنکه نیاز به دستکاری‌های فراوانی در پایان واکنش PCR دارد، دقیق‌تر از روش‌های موجود مانند real-time PCR می تواند میزان دقیق مولکول‌های هدف موجود در نمونه را تعیین کند.
PCR روشی حساس برای تشخیص مقادیر اندک DNA موجود در نمونه است. با این حال، تعیین دقیق میزان مولکول‌های هدف با PCR عادی ممکن نیست و این تکنیک دقت پایینی در انجام این کار خصوصا در نمونه‌های بیولوژیکی پیچیده دارد. علت این موضوع فاز کفه (plateau) است که به دنبال فاز نمایی (exponential) رخ می‌دهد. فاز plateau خود به علت غیرفعال شدن DNA پلیمراز، کمبود پرایمرها، مهار PCR توسط پیروفسفات‌ها و اتصال دوباره مولکول‌های تکثیرشده به همدیگر به جای اتصال به پرایمر در چرخه‌های آخر واکنش رخ می‌دهد.
در فاز نمایی است که میان مولکول‌های الگوی اولیه و محصولات واکنش تکثیر ارتباط مشاهده می‌شود. درنتیجه تنها در این مرحله است که می‌توان از روی محصولات تولید شده، میزان دقیق مولکول‌های هدف اولیه را به دست آورد. این کار با آنالیز ۲۵-۲۰ چرخه آغازین واکنش توسط الکتروفورز در ژل انجام می‌شود.
در فاز plateau، صرف نظر از میزان مولکول‌های اولیه، پس از اتمام تعداد کافی از چرخه ها میزان محصولات در نمونه‌های با مولکول‌های اولیه متفاوت ممکن است تقریبا یکسان شود (تصویر ۱). پس در گروهی از نمونه‌ها با غلظت‌های متفاوت توالی الگو، تعیین دقیق میزان مولکول‌های هدف بسیار دشوار است. Competitive PCR برای رفع چنین مشکلاتی ایجاد شده است.
